- “Theoretical and computational studies of dissociation reactions occurring in hyperthermal conditions: from small ionic systems to clusters", financiado pela Fundação para a Ciência e Tecnologia (PTDC/QUI/69422/2006), 2009-2012.
- “Dinâmica Clássica e Semi-clássica em Sistemas Reactivos”, J.M.C. Marques (investigador principal da equipa portuguesa) e S.A. Vázquez (investigador principal da equipa espanhola). “Acção Integrada Luso-Espanhola” financiado pelos Conselho de Reitores das Universidades Portuguesas (E-10/03), Portugal, e Ministerio de Ciencia y Tecnología (HP2002-0071), Espanha.
- “Potential energy surfaces and global minima search on van der Waals and ion microsolvated clusters", projeto para a concessão de tempo de cálculo em supercomputador do John von Neumann Institut für Computing, Jülich, Alemanha (Project EPG010), 2006-2010.
- “Estudos das paisagens energéticas de agregados atómicos utilizando algoritmos de inspiração biológica inovadores”, projeto bilateral financiado pela FCT, Portugal, e CAPES, Brasil (125439/2016-00/CAPES e 2984/DRI), 2016-2018. Projeto conjunto com o grupo do Prof. Frederico Prudente (Universidade Federal da Bahia, Brasil).
- 50“Development of New Evolutionary Computation Approaches for Applications in Theoretical Chemistry”, financiado pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia (POSC/EIA/55951/2004). Investigador responsável: F.B. Pereira.
- 8“Interactions in polyelectrolyte complexes: simulation and experiment”, financiado pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia (PTDC/QUI-QUI/101442/2008). Investigador responsável: A.A.C.C. Pais.
- “High-Performance Computing over the Large-Scale Internet", financiado pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia (PTDC/EIA-EIA/102212/2008). Investigador responsável: Filipe Araújo.
- "Non-linear optical properties study of organic materials" (2010-2013) PTDC/FIS/103587/2008 Fundação para a Ciência e a Tecnologia Investigador Responsável: Cláudia Cardoso
- “Molecules in motion (MOLIM)”, Chemistry and Molecular Sciences and Technologies, COST Action CM1405, apoiado pelo EU Framework Programme Horizon 2020, 2015-2019.
- “How to protect water, soil and plants production all together - ProWsper”, financiado pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia (WaterJPI/0006/2016), 2017-2020. Investigador responsável: A.J.M. Valente.
- “Microsolvation of ions in atomic and molecular solvents”, projeto para a concessão de tempo de cálculo no supercomputador BOB instalado no Minho Advanced Computing Centre (MACC), FCT (CPCA_A2_7083_2020), 2020.
- “Molecular Dynamics in the GAS phase (MD-GAS)”, COST Action CA18212, financiado pelo COST European Cooperation in Science and Technology, 2019-2023. Principais proponentes: Henning Zettergren (Universidade de Estocolmo, Suécia) e Alicja Domaracka (Universidade da Normandia, França).
- “Molecular dynamics of crystallization of honey-like systems”,projeto para a concessão de tempo de cálculo no supercomputador BOB instalado no Minho Advanced Computing Centre (MACC), FCT (CPCA_A2_7081_2020), 2020. Investigador responsável: Paulo E. Abreu.
- “Confined molecular systems: from a new generation of materials to the stars (COSY)”, COST Action CA21101, financiado pelo COST European Cooperation in Science and Technology, 2022-2026. Principal proponente: María Pilar de Lara-Castells (CSIC, Espanha).
